Tata Cara pengisian SPM telah diatur dalam PEraturan DIrjen Perbendaharaan Nomor PER-88/PB/2011 tentang Perubahan Kedua atas Peraturan Dirjen Perbendaharaan Nomor PER-57/PB/2010 tentang Tata Cara Penerbitan Surat Perintah Membayar dan Surat Perintah Pencairan Dana. Apabila dalam pengisian SPM tidak sesuai dengan aturan tersebut, akan mengakibatkan penolakan SPM oleh KPPN. Berikut ini merupakan contoh penolakan SPM yang disertai dengan solusi penyelesaiannya